К клотримазолу чувствительны дерматофиты, дрожжевые грибы (рода Candida, Torulopsis glabrata, рода Rhodotorula), плесневые грибы, а также возбудитель Pityriasis versicolor (разноцветного лишая) и возбудитель эритразмы.
Кроме того, оказывает антимикробное действие в отношении грамположительных (стафилококки и стрептококки) и грамотрицательных бактерий (Bacteroides, Gardnerella vaginalis), а также в отношении Trichomonas vaginalis, Malassezia furfur, Corynebacterium minutissimum.