Усиливает действие и токсичность пероральных антикоагулянтов, производных варфарина (удлинение протромбинового времени), пероральных гипогликемических средств, производных сульфанилмочевины (риск гипогликемии). Снижает концентрацию цефалоспорина в крови и может вызывать обратимую нефротоксичность. Препараты, повышающие кислотность (большие дозы витамина С, метенамина), НПВС (индометацин, фенилбутазон, салицилаты) усиливают нефротоксичность, гепатотоксичность, гематотоксичность Гросептола. Барбитуровая кислота и ПАСК усиливают токсичность триметоприма. Антацидные средства снижают всасывание сульфаметоксазола, а прокаин и анальгезирующие средства являются его антагонистами. В комбинации с пириметамином Гросептол может вызывать мегалобластическую анемию. Алкоголь усиливает нефро-, нейро- и гепатотоксическое действие препарата.