Эрдостеин быстро абсорбируется из ЖКТ и метаболизируется в печени до 3 активных метаболитов, наиболее важный из которых — N-тиодигликолил-гомоцистеин (Метаболит 1, или М1). T1/2 составляет более 5 ч. Повторное применение эрдостеина или прием пищи не влияет на фармакокинетические параметры. Cmax в плазме крови составляет 3,46 мкг/мл, Тmax — 1,48 ч, AUC0–24 ч — 12,09 мг·ч/л.
Эрдостеин связывается белками плазмы крови на 64,5%. Выводится в виде неорганических сульфатов через почки и кишечник.
В случае нарушения функции печени отмечается увеличение показателей Сmax и AUC. Возможно увеличение T1/2 при выраженном нарушении функции печени. При почечной недостаточности возможна кумуляция метаболитов.