При применении Микройодида по показаниям в рекомендуемых дозах возникновение побочных эффектов маловероятно.
При длительном назначении высоких доз препарата (более 300 мкг/сут) возможно развитие йодиндуцированного гипертиреоза (особенно у пожилых пациентов, при наличии узлового зоба или токсической аденомы).
При терапии высокими дозами йода (более 1 мг/сут) в отдельных случаях могут развиваться вызываемые йодом зоб и гипотиреоз.
Иногда развиваются аллергические реакции: крайне редко — реакции повышенной чувствительности в сочетании с «йодным» ринитом; йододерма, эксфолиативный дерматит, отек Квинке. В редких случаях постоянный прием препарата может привести к развитию «йодизма», который проявляется металлическим привкусом во рту, отечностью и воспалением слизистых оболочек (ринит, конъюнктивит, бронхит), йодной лихорадкой, йодными угрями, отеком слюнных желез.